Структура института

Лаборатория водной экологии
Лаборатория водных ресурсов и водопользования
Лаборатория биогеохимии
Лаборатория гидрологии и геоинформатики
Лаборатория ландшафтно-водноэкологических исследований и природопользования
Лаборатория физики атмосферно-гидросферных процессов
Лаборатория гидробиологии
Химико-аналитический центр
Новосибирский филиал
Горно-Алтайский филиал
Лаборатория моделирования экологических систем (Кемерово)
Центр коллективного пользования микроскопии и рентгеновской спектроскопии
Центр коллективного пользования научно-исследовательскими судами