Институт выполняет большой объем прикладных научно-исследовательских работ по заданиям органов государственной власти субъектов РФ, Роскосмоса, хозяйственных и иных организаций. Ежегодно заключается около 50 государственных контрактов и договоров по широкому кругу природооохранных и водохозяйственных проблем. Наши заказчики: Росводресурсы, Роскосмос, Правительство Алтайского края, Правительство Республики Алтай, ПАО «ГМК «Норильский никель» и др.